Aslında bunun yanıtı çok basittir, hatta tek sözcüktür: Melanin. “Melanin” adı verilen molekül bir çeşit aminoasittir. Melanin yoğunlaştığı bölgeleri görece koyulaştıran, koyu kahverengi ya da siyah renkli olabilen bir pigmenttir. Bedenimizde saç, göz ve deri renginin ortaya çıkmasını sağlayan pigment melanindir. Göz rengi, irisin ön katmanlarındaki melanin miktarıyla doğrudan ilişkilidir. Kahverengi gözlü insanların irisinde (yani göz bebeğimizin çevresindeki renkli halkada) çok miktarda melanin bulunurken renkli gözlü insanlarda bu pigment çok daha azdır.

Melanin ışığı emer. Bir nesne ışığı emiyorsa, koyu renkli görünür. Eğer emmeyip yansıtıyorsa, yansıttığı ışığın renginde görünür. Kahverengi gözlerde çok fazla melanin vardır. Bu nedenle ışığı emerler; bu da onları koyu yapar. Ela gözlerde kahverengi gözlerden daha az ama mavi gözlerden daha çok melanin bulunur. Gri ve yeşil gözlerde de en az miktarda melanin olur ve bunlar ışığı daha çok yansıtır.